Todos los grupos armados presentes en el departamento del Cesar durante las últimas décadas han causado violencia entre la población local. Sin embargo, los paramilitares de las Autodefensas de Colombia (AUC) que operaron en la zona minera del Cesar fueron quienes provocaron una proporción mucho mayor de muertes y personas desplazadas durante el periodo 1996 – 2006.
Con base en los cálculos y estimaciones, las investigaciones de PAX recopiladas en el informe El Lado Oscuro del Carbón asumen una conservadora cifra estimada de 2.600 víctimas de asesinatos selectivos, 500 víctimas de masacres y 240 víctimas de desapariciones forzosas, atribuidas todas al Frente Juan Andrés Álvarez (JAA).
En 1996, el alto comando de las ACCU (Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá), que luego se transformaron en las AUC (Autodefensas Unidas de Colombia), una organización paramilitar de cubrimiento nacional, envió un grupo inicial de 60 paramilitares al Cesar, para defender de las actividades de la guerrilla los intereses establecidos y las propiedades de la élite económica local. Al año siguiente, el grupo de paramilitares fue ampliado sustancialmente con unos cien hombres, de acuerdo con los testimonios de los ex comandantes paramilitares, por petición expresa de Drummond. La presencia de este grupo desató la primera oleada de violencia paramilitar.
En 1988, los líderes de las AUC del norte del país decidieron fusionar sus cuatro frentes en el Bloque Norte. Un miembro joven de los paramilitares de Valledupar, Rodrigo Tovar Pupo, alias Jorge 40, fue nombrado comandante del Bloque. En diciembre de 1999, Jorge 40 decidió reformar el frente paramilitar especial Juan Andrés Álvarez, que en adelante operaría en la vecindad inmediata de las minas de Drummond y Prodeco: los municipios Bosconia, El Paso, La Paz, Agustín Codazzi, Becerril, La Jagua de Ibirico, Chiriguaná y San Diego. Además, este frente tuvo presencia ocasional en seis de los municipios vecinos: Valledupar, El Copey, Curumaní, Chimichagua, Pueblo Bello y Astrea.
Jhon Jairo Esquivel Cuadrado, alias El Tigre, fue el primer comandante del Frente JAA. La misión del Frente JAA era derrotar a los grupos guerrilleros presentes en el área de las minas de carbón o empujarlos hacia las regiones montañosas. A los civiles se les incluyó también en este proceso y muchos terminaron asesinados, amenazados o desplazados. En efecto, dentro de las AUC existía la idea de que podían derrotar a las guerrillas aterrorizando a la población en las zonas donde operaban y a veces incluso despoblando esas zonas; la idea de fondo era que las guerrillas eran apoyadas por algunos sectores de la población local.
Siguiendo el acuerdo entre el gobierno colombiano y las AUC, el gobierno esbozó un proyecto de ley para la desmovilización y el enjuiciamiento de los paramilitares. Esta Ley de Justicia y Paz fue promulgada por el Congreso colombiano en 2005. En 2006, las unidades paramilitares en el Cesar, incluido el Frente JAA, fueron desarmadas y disueltas. Sin embargo, poco después de la desmovilización, resultó evidente que la violencia y las violaciones de los derechos humanos habían continuado aunque de otra manera; así, algunos exparamilitares volvieron a una existencia armada e ilegal.
En los años siguientes a la desmovilización, varios de los comandantes paramilitares en Colombia fueron juzgados según la Ley de Justicia y Paz. El fiscal que llevaba el caso del Frente JAA en el proceso de Justicia y Paz escuchó cientos de horas de testimonios de ex paramilitares del Frente JAA y de sus víctimas, y extrajo de ellas una descripción de los métodos del Frente: “Los escuadrones paramilitares llegaban en la noche, con listas de sus víctimas, a las zonas rurales, en grupos numerosos, encapuchados y vistiendo prendas militares, movilizándose en camionetas tipo pick-up con vidrios oscuros. Estaban armados y pintaban las paredes de los pueblos con inscripciones como ‘Muerte a rateros y guerrilleros’. Sacaban a las personas de sus casas, se las llevaban y las desaparecían. Los cuerpos eran arrojados a los ríos y otros eran descuartizados. También montaban retenes en las carreteras hasta con 200 hombres armados, bajaban a las personas de sus vehículos y se las llevaban.”
